Het Pius X-College is ondergebracht in Onderwijsstichting De Kempen. Het kent als bestuursmodel het Raad van Toezichtmodel. De bestuurder, tevens rector, is eindverantwoordelijke voor het gevoerde beleid en bewaakt op hoofdlijnen de resultaten en belangrijkste processen in de school. De Raad van Toezicht adviseert de bestuurder en ziet toe op het beleid van de bestuurder. Naast de rector/bestuurder bestaat de directie uit drie directeuren die de portefeuilles Onderwijs, Personeel en Bedrijfsvoering beheren. De onderwijsrichtingen worden aangestuurd door teamleiders. Door het werken in teams slaagt het Pius X-College erin kleinschaligheid te organiseren binnen een grote scholengemeenschap.